Als onderdeel van het masterprogramma wordt van de student verwacht dat hij/zij een master thesis schrijft (20 ECTS). De meeste studenten van de Master Neuropsychologie schrijven hun thesis over een onderzoek dat in een instituut buiten de Universiteit Leiden wordt uitgevoerd, bijvoorbeeld in een (universitair) medisch of psychiatrisch ziekenhuis, een verzorgingshuis, een instelling voor de geestelijke gezondheidzorg etc. Wanneer de thesis afgerond is, wordt van je verwacht dat je de gevonden resultaten en conclusies presenteert aan een geïnteresseerd publiek bestaande uit studenten neuropsychologie. Daarnaast worden studenten verzocht zelf een aantal keer aan dit geïnteresseerde publiek deel te nemen.